「ギンザ シックス」のトイレはやや落とした間接照明とウッド製の壁材とクリーム色の床材で、全体をシック＆ノーブルに統一している。最大の特徴は男女のトイレにベビーチェア付きの広いトイレが必ず一室あること。子ども連れやバリアフリーをかなり意識しており、個人的なイチオシは、蔦屋書店のある6階のベビールーム。男性も使える授乳室、大通りに面した開放感のあるガラス張りのおむつ替えスペースなどがある。なお全てのフロアのトイレの便器や洗面台はいずれもTOTO製だった。
B2F
スイーツやデリなどの食物販フロアのB2階は南側にトイレを設置。男性用は小便器2、個室3（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2、女性用は個室5（内ベビーシート付き✕１）、洗面台2、パウダーコーナー。その他に多目的トイレ1になる。
有力ブランドが一堂に介したコスメフロアのB1階は北側と南側にそれぞれ男女のトイレを設置。北側は、男子用が小便器4、個室4（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2、女性用が個室7内ベビーシート付き✕1）、洗面台2、パウダーコーナー2席。その他に多目的トイレ1になる。南側は小便器2、個室3（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2、女性用は個室5（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2、パウダーコーナー。
ラグジュアリー・ブランドが集結した最もラグジュアリー度合いの高い1階には、館内にトイレはない。「ローソン」の併設されたツーリストサービスセンター内に公共トイレ扱いで設置されている。公共トイレ扱いのため、内装が他のフロアのトイレと異なり、扉はシルバー、壁材は大理石風のタイルになっている。
「ケンゾー（KENZO）」や「アレキサンダー・マックイーン（ALEXANDER McQUEEN）」などの尖ったインポートブランドで構成される3階は、北側と南側に男女のトイレを設置。北側は、男子用が小便器5、個室5（内ベビーシート付き✕1）、洗面台4、女性用が個室8（内ベビーシート付き✕1）、洗面台6、パウダーコーナー4席。その他に多目的トイレ1。南側は小便器4、個室5（内ベビーシート付き✕1）、洗面台4、女性用は個室5（内ベビーシート付き✕1）、洗面台4、パウダーコーナー（5席）。
4F
「ヴァレンティノ（VALENTINO）」などのブランドに混じって、雑貨や着物などのライフスタイル雑貨が揃う4階も南北にトイレを設置。北側は女性トイレが充実。男子用が小便器3、個室3（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2に対して、女性用が個室8（内ベビーシート付き✕2）、洗面台5、パウダーコーナー（6席）、さらにフィッティングルームが一室ある。その他に多目的トイレ1。南側は男性と女性がL字型に配置。男性用が小便器3、個室3（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2、女性用は個室5（内ベビーシート付き✕1）、洗面台4、パウダーコーナー（6席）。
4階と同じくファッションと雑貨のフロアの5階も南北にトイレを設置。北側は女性トイレが充実。男子用が小便器4、個室5（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2に対して、女性用が個室8（内ベビーシート付き✕1）、洗面台4、パウダーコーナー（6席・写真右）、さらにフィッティングルーム（写真左）が一室ある。その他に多目的トイレ１。南側は男性と女性がL字型に配置。男性用が小便器3、個室3（内ベビーシート付き✕1）、洗面台2、女性用は個室5（内ベビーシート付き✕1）、洗面台4、パウダーコーナー（6席）。多目的トイレ1。
